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In età medievale Mogoro fece parte del Giudicato d'Arborea e in particolare della curatoria di Part’e Montis, di cui fu anche capoluogo. Nel 1355, all’indomani della pace tra Aragona e Arborea, inviò propri rappresentanti al primo parlamento (le Cortes) convocato a Cagliari da Pietro IV d’Aragona. In quello stesso anno fu concesso in feudo dal sovrano aragonese a Francesco di San Clemente.
Devoluto a Giordano Tola nel 1421, venne venduto nel 1442 al mercante di Sassari Giacomo Manca, ma passò a Galzerado Torella e ai suoi fratelli nel 1464.
Nella prima metà del Cinquecento in seguito alle continue incursioni dei Saraceni il villaggio di Bonorcili venne distrutto e gran parte dei profughi si rifugiarono a Mogoro.
In epoca ormai spagnola, passò da Anna Serra Bernart a Gerolamo Sanjust per poi divenire proprietà dei conti Quirra nel 1603.
Dopo la caduta del Marchesato di Oristano, Mogoro seguì le sorti della contea e del marchesato di Quirra sotto i Carroz fino ai Centelles e agli Osorio della Cueva. Agli inizi del secolo XVI, Mogoro accolse i profughi di Bonorcili, l’abitato medievale situato nella pianura del Campidano, dove sono attualmente impiantati i vigneti di Is Arenas, distrutto da un assalto piratesco dei Saraceni che attaccarono anche i paesi vicini di Terralba, Uras e San Nicolò Arcidano.
Fu riscattato nel 1839 durante il Regno di Carlo Alberto secondo le disposizioni della Carta Reale promulgata nel 1835 che tendeva a rientrare in possesso delle vaste estensioni incolte e trascurate dai feudatari. Entrò a far parte del Regno d’Italia dopo l’unificazione raggiunta nel 1861.
